A Angers, désormais on connait tous les gènes de la pomme !

Crédit Thomas Baritaud – (De gauche à droite) Jean-Pierre Renou, directeur de recherche à l’INRA, Jean-Marc Celton, post doctorant à l’université d’Angers unité IRHS, Étienne Bucher, directeur de recherches à l’INRA et responsable de l’équipe Epicenter à l’UMR IRHS, Nicolas Daccord, doctorant à l’Université d’Angers unité IRHS.

Lundi, le génome et l’épigénome de la pomme ont été décodés par un consortium de scientifiques porté par Étienne Bucher, directeur de recherche à l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) de Beaucouzé près d’Angers. Une étude qui permettra dans le futur d’améliorer la résistance des pommes ou bien d’avoir plus de variétés par exemple. 

Une équipe de 25 scientifiques français, italiens, allemands, hollandais et sud africains ont réussi à décoder le génome de pomme; le fruit représente 84,6 millions de tonnes produites chaque année, 20 % des pommes consommées en France sont produites dans les Pays de la Loire.

Le génome est l’ensemble du matériel génétique d’un organisme. Celui de la pomme a pu être assemblé en 17 pseudo-molécules (Chromosomes artificiels qu’on ne connaît pas) représentant les 17 chromosomes (ADN) du pommier, le génome contient 42 140 gènes.

Trois scientifiques dans le département travaillaient sur cette découverte : Jean-Marc Celton, post-doctorant à l’Université d’Angers à l’unité IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences, Étienne Bucher, directeur de recherches à l’INRA et responsable à l’équipe Epicenter à l’UMR (Unité Mixte de Recherche) IRHS et Nicolas Daccord, doctorant à l’Université d’Angers dans l’unité IRHS.

L’histoire de la pomme remonte-elle au Kazakhstan ? 

Le consortium a travaillé sur le modèle de la pomme Golden Delicious. Ils ont pu faire ces découvertes grâce  aux nouvelles techniques des machines de séquençage ADN (Illumina, Rae Bio, Bio Nano).

En travaillant sur la mémoire des plantes à partir du génome les scientifiques ont émettre de nombreuses hypothèses : Il y a 23 millions d’années, un remaniement massif aurait eu lieu au Kazakhstan, les montagnes auraient commencé à monter provoquant plus ou moins de chaleur, de rayons UV pour les pommiers créant ainsi les poiriers.

Puisque les scientifiques connaissent désormais le génome de la pomme, ils peuvent travaillent sur son épigénétique. L’épigénétique correspond au domaine se focalisant sur les modifications qui ne sont pas dans l’ADN, elle permet de réguler l’interprétation des gènes (exemple: influer sur la taille du fruit, sa couleur, son poids, sa qualité nutritive). Ils peuvent aussi beaucoup caractériser les gènes et leurs fonctions comme « l’accélération du pommier, la résistance du pommier ou bien sa couleur » explique Étienne Bucher.

En partant sur une étude de pommes différentes ils ont pu voir des différences épigéniques / d’hypermethylation. « Quand le pommier est hyperméthylé, le fruit est plus petit et quand le pommier l’est moins, le fruit est plus gros » détaille Jean-Marc Celton. Pourtant, ils n’arrivent pas à expliquer à quoi est dû ce changement.

Parallèlement, les scientifiques de l’INRA travaillent aussi sur un consortium sur le génome de la poire. De nouvelles découvertes seront-elles encore faites ?